中华民国三十八年六月，皖北行署设立巢湖专员公署，驻巢县，辖巢县、无为县、庐江县、肥东县、肥西县、含山县、和县、三河市、巢湖水上公安局。

 　　1950年3月，三河市并入肥西县。1952年1月，巢湖、宣城两专员公署合并成立芜湖专员公署，巢县、无为县、庐江县、和县、含山县划归芜湖专署。1958年7月，庐江县划属六安专员公署；8月，巢县划归合肥市。11月，和县、含山县划归马鞍山市；12月，和县、含山两县合并为和含县。次年4月，和含县再划归芜湖专署。5月，和含县重又分为和县、含山两县。1961年4月，巢县由合肥市划出，仍归芜湖专署。1965年5月，经国务院批复，巢湖专员公署于同年7月25日恢复建置，署治巢县城关，辖巢县、无为县、庐江县、肥东县、和县、含山县 6县。1971年3月，巢湖专员公署改称巢湖地区行政公署。1983年7月，肥东县划归合肥市建置。1984年1月4日，经国务院批准，巢县撤县改市称巢湖市(县级)，仍属巢湖地区行政公署管辖。1999年7月9日，经国务院批准， 8月5日省政府批复撤销巢湖地区及县级巢湖市，设立地级巢湖市，地级巢湖市人民政府驻新设立的居巢区青年路。原县级巢湖市改为居巢区，以原县级巢湖市的行政区域为居巢区的行政区域，区人民政府驻东风路。巢湖市辖原巢湖地区的无为县、庐江县、含山县、和县和新设立的居巢区，实行市领导县、区体制。

 　　1999年12月29日，中国共产党巢湖市第一次代表大会闭幕，中共巢湖市委员会产生。2000年1月19日，巢湖市第一届人民代表大会闭幕，第一届市级国家政权机构产生。2000年1月 20日，地级巢湖市在居巢区青年路举行揭牌仪式，中共巢湖市委、巢湖市人大常委会、巢湖市人民政府、政协巢湖市委员会、中共巢湖市纪律检查委员会揭牌。